Wagenknecht chào đời ngày 16 tháng 7 năm 1969 ở thành phố Jena, Đông Đức.[4] Cha bà là người Iran, mất tích từ khi bà con bé. Mẹ bà là người Đức, làm công nhân cho một nhà phân phối mỹ thuật của nhà nước. Thuở nhỏ, Wagenknecht được nuôi nấng bởi ông bà ngoại cho tới năm 1976, khi mẹ bà và bà chuyển tới sống ở Đông Berlin. Trong thời gian ở đó, bà gia nhập Đoàn Thanh niên Đức Tự do (FDJ). Năm 1988, bà thi đỗ bài kiểm tra Abitur và đầu năm 1989 được kết nạp vào Đảng Xã hội chủ nghĩa Thống nhất Đức (SED).[5][6]

Từ năm 1990, Wagenknecht theo học ngành triết và văn học Đức cách tân ở bậc đại học tại Jena và Berlin, hoàn thành chương trình nhưng không viết luận văn vì lý do "không tìm được sự hỗ trợ cho mục tiêu của mình ở Đại học Humboldt Đông Đức". Bà sau đó theo học khoa triết của Đại học Groningen, hoàn thành chương trình và nhận bằng Thạc sĩ vào năm 1996 dưới sự hướng dẫn của Hans Heinz Holz, với luận văn nói về vấn đề diễn giải Hegel của Karl Marx thời trẻ, được xuất bản thành sách vào năm 1997.[5][6] Từ năm 2005 đến năm 2012, bà hoàn thành luận văn Tiến sĩ của khoa kinh tế vi mô tại TU Chemnitz với chủ đề "Sự hạn chế của lựa chọn: Lưu giữ quyết định và nhu cầu thiết yếu ở các quốc gia phát triển" và được trao tặng bằng magna cum laude của Đức.[7] Luận văn này sau đó được xuất bản bởi Campus Verlag.[8]